《九阴真经3D》在门派的设置上也继承了端游的特色。游戏中有峨眉、武当、唐门和凌霄城四个门派。除了峨眉只能创建女性角色外，其他门派可以自行选择性别。
峨眉大概相当于其他游戏中的奶妈职业，但是也比较暴力。峨眉功法亦柔亦刚，内外相重，可以以弱胜强。峨眉爆发伤害高，也具备一定的辅助能力。
凌霄城于天湖之滨，踞西域武林势力，门下高手遍布黑白两道。凌霄城门派输出套路多，能对敌人持续造成伤害，防御能力一般，对操作的要求也比较高。
唐门擅长使用暗器与毒，手法高明无人察觉，令敌人闻风丧胆。尤为擅长远程攻击，杀人于无形，防御能力较凌霄城来说要高一些，是一个比较吃操作的强力门派。
武当由旷世武学奇才张三丰所创，武功博大精深，精微奥妙。武当的套路相对来说比较均衡，攻守兼备，适合任何位置。玩家可以根据自己的喜好选择门派。比如喜欢高输出的玩家可以选择凌霄城而更喜欢辅助队友的话可以选择峨眉。
游戏在操作上选择了玩家已经很习惯的虚拟摇杆和技能结合的方式，而且为玩家提供两种视角模式，一种是锁视角模式，另一种则是可以调整方位的全自由视角模式，固定视角的情况下人物的面向、移动都只需要通过摇杆既可以完全操控，但是在非锁视角的自由模式下，虽然人物移动依然受到摇杆控制，但是视角还是需要通过划动屏幕来调整，而技能的施放两个模式下都没有太大差异。
