游戏以一群热血航海家：胡子大叔、大叔的孙女以及没落的葡萄牙贵族帅哥开始，讲述了他们在那个激情澎湃的年代发生的故事。《大航海时代5》游戏中会贴心设置引导过程，出海准备、航海、海战、，奥义、探索新城等都会有。而一贯的收集海员、贸易、探险、海战都需要给与很多考量。
例如海员，出海前要如何招募海员、分配海员位置、如何修补船只或者买新船、如何选择出航路线、补给品和船重之间如何取舍。在者，贸易时怎么看跑商能不能赚钱、怎么购买和卖出货物、怎么权衡货物和补给品，不让船因为载荷太重而达到不了目的地。这些都是令人相当过瘾的地方。
海员系统：
在《大航海时代5》出海怎么能一个人，我大船长怎么都得找几个手下啊。所以这时候你就可以招募航海家了，海员也分很多级别，而且不同特征的海员会分布在世界各地，不断探索寻找像集邮一样找到所有的海员也是收集的乐趣之一。
还有可能遇到一些大将，新船员会触发新故事和剧情，就是游戏的主线和支线任务啦，所以剧情完不完整也跟海员收集有关哦！实力想要更壮？当然要找点稀有的海员咯！
贸易系统：
当然海上冒险，木有钱你玩个毛线球。所以贸易是非常重要的一个系统，系统中最重要的就是赚差价，获取利润，当然船只允许，你可以带着货跑到老远去交易，因为游戏中原则就是：物以稀为贵，越远就能卖出越高的价格。就像亚洲的丝绸买到欧洲或者南美洲，不发达都很困难。
探险系统：
当登陆一个新的城市，可以左看看右望望有什么蛛丝马迹去探险。探险系统有趣在于可以通过文字或者动画经历整个过程，而你的选择也相当重要，因为不停的选择就会有不同的结果，经典玩法从过往一直保留着。
