不过，虽然硬件不足难以弥补，游戏中或传承或创新的玩法系统依然多得让人眼花缭乱。以PVE为例，目前游戏按照玩家对PVE的不同需求划分为经验、武学、货币、剧情、道具五种PVE模式，每一种PVE模式也都包含了多种不同类型的挑战任务。比如在经验模式上，如果玩家注重单人战斗就可以尝试师门任务，如果热衷于组队则可以体验江湖禁地、团练，如果拥有大量的资源，那么200任务的跑环不失为一个好选择。
当然游戏如此繁重的系统玩法很可能给一部分休闲玩家产生颇重的负担，但好在每个系统玩法的操作都比较方便，游戏虽然为了堆下这么多内容而显得界面略有拥挤感，不过操作体验方面的自由度也很高。首先在视角选择上《九阴真经3D》就提供了三种不同的体验。晕3D的玩家可以将游戏玩成2.5D，注重视觉效果和画面感的玩家选择全方面自由调整视角的模式再好不过，更注重战斗效果和战斗体验的玩家也可以考虑“3D竞技”视角，既不如2.5D视角的局限，也不至于因为全3D视角反而阻碍了最重要的战斗视角效果。
除此之外，游戏的三种寻路模式也是颇为符合游戏特色的贴心设计。专注于体验轻功效果的玩家可以选择“御风模式”，时刻享受腾飞赶路的快感；热衷于坐骑的玩家则由“坐骑模式”可以选择，这样就不用被轻功模式困扰，无法享受骑马的快感；对于两者都有所渴望的玩家还有“智能模式”，距离太远就用轻功直飞省时省力，距离较近则可以用坐骑赶路，不但使用合理，而且颇有江湖侠者之风。
综合体验来说，《九阴真经3D》整体玩法和系统都颇为重度化，并拥有不少传承自端游的独特之处，其内容之丰富需要玩家花费大量的时间精力泡在游戏里才能真正玩好玩熟，加之完整的世界观和流畅的剧情，都能带给热衷于武侠的重度玩家不错的体验。而对于那些只是单纯被画面吸引而来的轻度玩家，游戏里也有诸如钓鱼、挖宝等休闲玩法可以选择尝试。
